目錄
前言
第一章 肉雞資源群體的建立 1
第一節(jié) 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)肉雞腹脂雙向選擇品系 1
一、概述 1
二、控制雞體內(nèi)脂肪沉積的研究進(jìn)展 1
三、東北農(nóng)業(yè)大學(xué)肉雞高、低腹脂雙向選擇品系 5
四、高、低脂系肉雞肌肉、肝臟脂肪含量的比較 7
五、高、低脂系肉雞血脂生化指標(biāo)的比較分析 9
第二節(jié) 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)F2 資源群體 15
一、概述 15
二、東北農(nóng)業(yè)大學(xué)F2 資源群體的基本信息 16
參考文獻(xiàn) 18
第二章 雞脂肪組織的發(fā)育生物學(xué)研究 24
第一節(jié) 脂肪組織的起源和形成 24
一、脂肪組織的起源 24
二、脂肪組織的形成 26
三、不同部位脂肪組織的異質(zhì)性 27
四、同一部位脂肪組織的潛在異質(zhì)性 29
第二節(jié) 脂肪組織的功能和分布 29
一、脂肪組織功能概述 29
二、脂肪組織的分布特點(diǎn) 30
三、白色脂肪組織和棕色脂肪組織 31
第三節(jié) 高、低脂系肉雞腹部脂肪組織的組織學(xué)觀察與分析 32
一、高、低脂系肉雞體重、腹脂重及腹脂率的比較 33
二、高、低脂系肉雞腹部脂肪組織的組織學(xué)差異 33
三、高、低脂系肉雞腹部脂肪組織中總細(xì)胞數(shù)量的比較 38
四、高、低脂系肉雞腹部脂肪組織細(xì)胞增殖能力的比較 38
參考文獻(xiàn) 40
第三章 雞生長與腹脂性狀的QTL 定位研究 46
第一節(jié) 雞生長和腹脂性狀QTL 的初步定位 47
一、微衛(wèi)星標(biāo)記參數(shù)及家系遺傳結(jié)構(gòu)分析 47
二、遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 48
三、影響雞體重和腹脂性狀QTL 的初步定位 50
第二節(jié) 雞體重和腹脂性狀QTL 的精細(xì)定位 58
一、增加標(biāo)記密度精細(xì)定位影響雞體重和腹脂性狀的QTL 58
二、擴(kuò)大檢測群體規(guī)模精細(xì)定位影響雞體重和腹脂性狀的QTL 61
三、進(jìn)一步擴(kuò)大檢測群體規(guī)模精細(xì)定位影響雞體重和腹脂性狀的QTL 63
四、單倍型分析精細(xì)定位影響雞體重的QTL 70
參考文獻(xiàn) 76
第四章 雞脂肪性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析、選擇信號(hào)檢測及拷貝數(shù)變異分析 79
第一節(jié) 雞脂肪性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析研究 79
一、全基因組關(guān)聯(lián)分析研究的概念 79
二、全基因組關(guān)聯(lián)研究效應(yīng)的估計(jì)方法 79
三、雞重要性狀的全基因組關(guān)聯(lián)研究進(jìn)展 80
四、高、低脂系肉雞腹脂性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析研究 81
第二節(jié) 高、低脂系肉雞選擇信號(hào)分析 85
一、選擇信號(hào)的概念 85
二、選擇信號(hào)的檢測方法 86
三、雞全基因組選擇信號(hào)分析研究進(jìn)展 87
四、高、低脂系肉雞選擇信號(hào)的檢測 87
第三節(jié) 高、低脂系肉雞拷貝數(shù)變異分析 101
一、拷貝數(shù)變異的概念 101
二、拷貝數(shù)變異的檢測方法 101
三、雞拷貝數(shù)變異的研究進(jìn)展 102
四、高、低脂系肉雞拷貝數(shù)變異的檢測 102
參考文獻(xiàn) 107
第五章基因間互作效應(yīng)對肉雞腹脂性狀的影響 112
第一節(jié)基因互作效應(yīng)簡介 112
一、互作效應(yīng)的概念 112
二、檢測互作效應(yīng)的統(tǒng)計(jì)方法 112
第二節(jié) 候選基因互作效應(yīng)研究 114
一、基因互作效應(yīng)對畜禽復(fù)雜性狀遺傳學(xué)影響的研究進(jìn)展 114
二、候選基因多態(tài)性位點(diǎn)間互作效應(yīng)對肉雞腹脂性狀的影響 116
第三節(jié) 全基因組SNP 互作效應(yīng)對肉雞腹脂性狀的影響 137
一、檢測全基因組SNP 互作效應(yīng)的統(tǒng)計(jì)方法 137
二、SNP-SNP 網(wǎng)絡(luò)的相關(guān)研究進(jìn)展 142
三、全基因組范圍內(nèi)SNP 互作效應(yīng)對肉雞腹脂性狀的影響 143
參考文獻(xiàn) 157
第六章 雞脂肪生長發(fā)育相關(guān)重要基因和蛋白質(zhì)的篩選 166
第一節(jié) 雞脂質(zhì)代謝的特點(diǎn) 166
一、脂肪酸的合成及運(yùn)輸 166
二、脂肪的合成、運(yùn)輸及分解 167
三、脂肪的沉積 168
第二節(jié) 雞脂肪生長發(fā)育相關(guān)重要基因的篩選 169
一、肉雞和蛋雞間脂肪和肝臟組織差異表達(dá)基因的篩選 170
二、高、低脂系肉雞脂肪和肝臟組織差異表達(dá)基因的篩選 173
第三節(jié) 雞脂肪生長發(fā)育相關(guān)重要蛋白質(zhì)的篩選 182
參考文獻(xiàn) 189
第七章 重要候選基因與雞體脂性狀的相關(guān)研究 194
第一節(jié) 動(dòng)物分子育種概述 194
一、標(biāo)記輔助選擇介紹 195
二、影響標(biāo)記輔助選擇效率的因素 195
三、影響畜禽肉質(zhì)性狀的基因或分子標(biāo)記的研究進(jìn)展 197
四、標(biāo)記輔助選擇的應(yīng)用 197
第二節(jié) 雞肌肉生長抑制素（Myostatin）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 198
一、Myostatin基因單核苷酸多態(tài)性的檢測 199
二、不同品種（系）雞Myostatin SNP基因型和等位基因頻率分布 200
三、Myostatin基因單核苷酸多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 202
第三節(jié) 雞解偶聯(lián)蛋白（UCP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 203
一、UCP基因多態(tài)性的檢測 203
二、不同品種（系）中UCP基因SNP 等位基因和基因型頻率分布 204
三、雞UCP基因多態(tài)性與屠體性狀的相關(guān)分析 205
第四節(jié) 雞瘦蛋白受體（OBR）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 208
一、OBR基因單核苷酸多態(tài)性的檢測 209
二、不同品種（系）OBR基因外顯子9 的c.8187 C>A 突變位點(diǎn)基因型和等位基因頻率比較 210
三、OBR基因單核苷酸多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 210
第五節(jié) 雞胰島素樣生長因子2（IGF2）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 212
一、IGF2基因多態(tài)性檢測 212
二、雞IGF2 突變位點(diǎn)在不同品種（系）中等位基因頻率和基因型頻率分布 213
三、IGF2基因單核苷酸多態(tài)性與雞體脂性狀的相關(guān)分析 213
第六節(jié) 雞脂肪酸結(jié)合蛋白（FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 214
一、雞脂肪型脂肪酸結(jié)合蛋白（A-FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 215
二、雞心臟型脂肪酸結(jié)合蛋白（H-FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 221
三、雞腸型脂肪酸結(jié)合蛋白（I-FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 224
四、雞肝臟型脂肪酸結(jié)合蛋白（L-FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 226
五、雞肝臟基礎(chǔ)型脂肪酸結(jié)合蛋白（Lb-FABP）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 229
第七節(jié) 雞黑素皮質(zhì)素受體4（MC4R）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 232
一、雞MC4R基因多態(tài)性檢測 232
二、突變位點(diǎn)多態(tài)性與生長性狀的相關(guān)分析 233
第八節(jié) 雞蘋果酸脫氫酶（MD）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 235
一、雞MD基因單核苷酸多態(tài)性檢測及基因型分析 235
二、MD基因單核苷酸多態(tài)性與雞體脂性狀的相關(guān)分析 236
第九節(jié) 雞載脂蛋白B（ApoB）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 237
一、雞ApoB基因多態(tài)性檢測 237
二、雞ApoB基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)分析 239
第十節(jié) 雞類胰島素生長因子結(jié)合蛋白2（IGFBP2）基因多態(tài)性與體重和腹脂性狀的相關(guān)研究 241
一、IGFBP2基因多態(tài)性檢測 241
二、不同品種（系）雞IGFBP2基因g.1196 C>A 等位基因和基因型頻率分布 242
三、IGFBP2基因多態(tài)性與肉雞生長和屠體性狀的相關(guān)分析 242
第十一節(jié) 雞甲狀腺激素應(yīng)答蛋白（Spot14α）基因多態(tài)性與體重性狀的相關(guān)研究 245
一、雞Spot14α基因多態(tài)性檢測及基因型分析 245
二、雞Spot14α基因多態(tài)性與體重性狀的相關(guān)分析 247
三、Spot14α基因在東農(nóng)F2 群體中的單倍型分析 249
第十二節(jié) 雞胰島素樣生長因子1（IGF1）基因及其受體（IGF1R）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 251
一、雞IGF1、IGF1R基因多態(tài)性檢測 251
二、雞IGF1、IGF1R基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)分析 252
第十三節(jié) 雞乙酰輔酶A 羧化酶α（ACCα）基因與體脂性狀的相關(guān)研究 255
一、雞ACCα基因多態(tài)性檢測和基因分型 256
二、雞ACCα基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)分析 256
第十四節(jié) 雞過氧化物酶體增殖劑激活受體γ（PPARγ）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 258
一、雞PPARγ基因多態(tài)性檢測 258
二、單倍型構(gòu)建及連鎖不平衡程度分析 259
三、PPARγ基因單倍型多態(tài)性與雞生長和體組成性狀的相關(guān)分析 260
第十五節(jié) 雞CCAAT 增強(qiáng)子結(jié)合蛋白α（C/EBPα）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 260
一、雞C/EBPα基因序列分析及多態(tài)性檢測 261
二、C/EBPα基因多態(tài)性與雞體脂性狀的相關(guān)分析 262
第十六節(jié) 雞視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤基因1（RB1）基因多態(tài)性與體重性狀的相關(guān)研究 263
一、SNP 分型結(jié)果 264
二、單位點(diǎn)SNP 與雞體重的相關(guān)分析 264
三、單倍型與雞體重的相關(guān)分析 267
第十七節(jié) 雞脂肪酸合成酶（FAS）基因多態(tài)性與體脂性狀的相關(guān)研究 269
一、FAS基因多態(tài)性檢測 269
二、雞FAS基因與體脂性狀的相關(guān)分析 270
第十八節(jié) 雞腹脂性狀重要基因功能性SNP 鑒定研究 271
一、雞載脂蛋白AⅠ（Apo-AⅠ）基因功能性SNP 的鑒定與分析 271
二、雞類胰島素生長因子結(jié)合蛋白2（IGFBP2）基因功能性SNP 的鑒定與分析 274
參考文獻(xiàn) 278
第八章 雞脂肪細(xì)胞的培養(yǎng) 291
第一節(jié) 脂肪細(xì)胞的來源、分布、結(jié)構(gòu)和功能 291
一、脂肪細(xì)胞的來源 291
二、脂肪細(xì)胞的分布 292
三、脂肪細(xì)胞的結(jié)構(gòu) 293
四、脂肪細(xì)胞的功能 293
第二節(jié) 雞脂肪細(xì)胞的離體培養(yǎng) 294
一、前脂肪細(xì)胞的培養(yǎng)模式及其特點(diǎn) 294
二、前脂肪細(xì)胞的增殖與分化 297
第三節(jié) 油酸對雞原代細(xì)胞的誘導(dǎo)分化作用 308
一、油酸誘導(dǎo)雞成纖維細(xì)胞轉(zhuǎn)分化為脂肪樣細(xì)胞 308
二、油酸誘導(dǎo)雞前脂肪細(xì)胞分化為脂肪細(xì)胞 311
參考文獻(xiàn) 315
第九章 雞脂肪型脂肪酸結(jié)合蛋白（A-FABP）的功能研究 323
第一節(jié) 雞A-FABP基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 324
一、雞A-FABP基因的克隆與序列分析 324
二、雞A-FABP基因在不同組織中的表達(dá)分析 324
三、雞A-FABP基因在高、低脂系肉雞脂肪組織中的表達(dá)差異分析 325
第二節(jié) 雞A-FABP基因在脂類代謝中的功能研究 327
一、雞A-FABP在“前脂肪細(xì)胞—誘導(dǎo)—轉(zhuǎn)染”過程中的功能研究 327
二、雞A-FABP在“前脂肪細(xì)胞—轉(zhuǎn)染—誘導(dǎo)”過程中的功能研究 333
三、前脂肪細(xì)胞中雞A-FABP的功能研究 337
參考文獻(xiàn) 341
第十章 其他脂肪酸結(jié)合蛋白家族基因的功能研究 345
第一節(jié) 雞H-FABP基因 346
一、雞H-FABP基因的克隆與序列分析 346
二、雞H-FABP基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 347
第二節(jié) 雞I-FABP基因 349
一、雞I-FABP基因的克隆與序列分析 349
二、雞I-FABP基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 349
第三節(jié) 雞L-FABP基因 352
一、雞L-FABP基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 352
二、雞L-FABP基因的功能研究 358
三、雞L-FABP基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究 363
第四節(jié) 雞L-BABP基因 365
一、雞L-BABP基因的組織表達(dá)特性分析 365
二、雞L-BABP基因在高、低脂系肉雞肝臟組織中的表達(dá)差異分析 365
三、雞L-BABP基因的功能研究 369
四、雞L-BABP基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究 375
五、雞L-BABP和L-FABP 配基結(jié)合屬性研究 377
參考文獻(xiàn) 379
第十一章 雞PPARγ基因的功能研究 384
第一節(jié) 雞PPARγ基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 385
一、雞PPARγ基因在mRNA 水平的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 385
二、雞PPARγ基因在蛋白質(zhì)水平的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 387
第二節(jié) PPARγ基因?qū)﹄u前脂肪細(xì)胞和雞胚成纖維細(xì)胞增殖與分化的影響 389
一、PPARγ基因?qū)﹄u前脂肪細(xì)胞增殖與分化的影響 389
二、PPARγ基因?qū)﹄u胚成纖維細(xì)胞的轉(zhuǎn)分化作用 395
第三節(jié) 雞PPARγ基因啟動(dòng)子的克隆及活性分析 399
一、雞PPARγ基因啟動(dòng)子的克隆及序列分析 399
二、雞PPARγ基因5′側(cè)翼區(qū)的啟動(dòng)子活性分析 400
第四節(jié) PPARγ基因?qū)χ�質(zhì)代謝調(diào)控機(jī)制的生物信息學(xué)分析 401
一、Motif 與篩選壓力的確定 402
二、PPARγ 靶基因數(shù)據(jù)集的獲取與功能基因組學(xué)分析 402
參考文獻(xiàn) 405
第十二章 雞C/EBPα基因和SREBP1基因的功能研究 410
第一節(jié) 雞C/EBPα基因的功能研究 410
一、雞C/EBPα基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 411
二、雞C/EBPα基因?qū)﹄u胚成纖維細(xì)胞的轉(zhuǎn)分化作用 412
三、雞C/EBPα 對PPARγ基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用 414
四、雞C/EBPα 對L-FABP基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用 418
第二節(jié) 雞SREBP1基因的功能研究 420
一、雞SREBP1基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 421
二、雞SREBP1基因?qū)﹄u胚成纖維細(xì)胞的轉(zhuǎn)分化作用 422
三、雞SREBP1基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用分析 423
參考文獻(xiàn) 424
第十三章 KLF 家族基因的功能研究 429
第一節(jié) 雞KLF2基因的功能研究 431
一、雞KLF2基因的克隆和序列分析 431
二、雞KLF2基因的表達(dá)特性分析 431
三、雞KLF2基因?qū)﹄u前脂肪細(xì)胞分化的影響 434
四、雞KLF2 對C/EBPα 和PPARγ基因的表達(dá)調(diào)控研究 435
第二節(jié) 雞KLF3基因的功能研究 436
一、雞KLF3基因CDS 區(qū)的克隆 437
二、雞KLF3基因的時(shí)空表達(dá)規(guī)律分析 437
三、雞KLF3 對脂肪組織發(fā)育重要基因啟動(dòng)子活性的影響 439
四、突變PVDLT 模序中的Asp 殘基對雞KLF3 調(diào)控活性的影響 441
第三節(jié) 雞KLF7基因的功能研究 442
一、雞KLF7基因CDS 區(qū)的克隆及結(jié)構(gòu)分析 443
二、雞KLF7基因的表達(dá)特性分析 443
三、雞KLF7基因?qū)﹄u前脂肪細(xì)胞分化和增殖的影響 447
四、雞KLF7 對脂肪細(xì)胞分化標(biāo)志基因啟動(dòng)子活性的影響 447
五、雞KLF7基因輔助因子的相關(guān)研究 448
六、雞KLF7基因多態(tài)性與雞7 周齡屠體性狀的相關(guān)研究 457
參考文獻(xiàn) 458
第十四章 其他與雞脂肪組織生長發(fā)育相關(guān)基因的功能研究 462
第一節(jié) 雞Perilipin1基因的功能研究 462
一、雞Perilipin1基因的克隆 463
二、雞Perilipin1基因的組織表達(dá)特性分析 466
三、雞Perilipin1 的亞細(xì)胞定位 468
四、雞Perilipin1基因的功能研究 469
五、雞Perilipin1基因啟動(dòng)子的克隆及活性分析 471
第二節(jié) 雞LPL基因的功能研究 478
一、雞LPL基因啟動(dòng)子的克隆及序列分析 478
二、雞LPL基因啟動(dòng)子的活性分析 479
參考文獻(xiàn) 481
第十五章 雞脂肪組織生長發(fā)育的表觀遺傳學(xué)研究 484
第一節(jié) 雞脂質(zhì)代謝相關(guān)microRNA 的篩選 484
一、肉雞前脂肪細(xì)胞microRNA 的分析鑒定 484
二、高、低脂系肉雞前脂肪細(xì)胞差異表達(dá)microRNA 的篩選 490
第二節(jié) DNA 甲基化與雞脂肪組織的生長發(fā)育 498
一、雞PPARγ基因啟動(dòng)子區(qū)DNA 甲基化分析 498
二、雞C/EBPα基因啟動(dòng)子區(qū)DNA 甲基化分析 501
三、DNA 甲基化在雞脂肪組織生長發(fā)育中的作用 503
參考文獻(xiàn) 506
第十六章 雞脂肪組織生長發(fā)育的分子遺傳學(xué)基礎(chǔ)研究展望 511
第一節(jié) 脂肪生成關(guān)鍵基因的系統(tǒng)篩選 511
一、基因組重測序 512
二、系統(tǒng)遺傳學(xué) 514
三、遺傳大數(shù)據(jù) 516
第二節(jié) 脂肪生成關(guān)鍵基因的功能研究及調(diào)控機(jī)制解析 517
一、基因功能研究 517
二、基因調(diào)控模式研究 518
三、結(jié)語 519
參考文獻(xiàn) 519
索引 524