《余聽鴻醫(yī)案》醫(yī)案和論述大部分屬內科范圍，為其手錄治愈的重癥及疑難雜病，兼及平日得之師友問的治驗。全書共載病種九十二門、醫(yī)案一百十九則，內容主要涉及內、外、婦等科，病證范圍以關格、腫脹、濕溫、咳嗽、戴陽、泄瀉、時毒、發(fā)背、產后病等為多。醫(yī)案記錄詳盡，辨證精審，用藥靈活多變，如治關格、痹痿、上下脫、陰、陽斑等數(shù)案，病情變幻多端，余氏用藥能洞中肯綮，反映了其豐富臨證經驗。
《外癥醫(yī)案匯編》四卷，是近代中醫(yī)外科流派心得派的集大成著作之一。余氏精內外科，鑒于有許多需要內科配合治療的外科證，往往由于病家和專科醫(yī)生不明確綜合治療的必要性，每致意見分歧，貽誤患者。為了彌補這一缺憾，他選輯了清代名家如陳學山、薛生白、繆宜亭、葉天士和徐靈胎等的外證醫(yī)案七百余則，間附以自己的治驗案，分為十三部七十三門。主要論述和分析了腦疽、骨槽風、禿發(fā)瘡、夾喉癰、肺癰、胃癰、肝癰、腸癰、腎俞癰、失榮證、馬刀疬、瘰疬、流痰、發(fā)背、搭手、疔膿、下背疽、丹毒、乳癰、乳巖、腋癰、臍癰、小腹癰、腹皮癰、臍漏、子癰、囊癰、肛癰、肛漏、痔瘡等。總結其病之成因、證之變化以及內外方治之法，論其利弊，辨其異同，文字樸實，指示懇切，對外科臨床確能起著不少幫助作用。
《傷寒啟蒙集稿》是清代柯琴著、清代余聽鴻纂注的一本傷寒金匱類中醫(yī)文獻，七卷。卷一至卷六依次注解太陽病、陽明病、少陽病、太陰病、少陰病、厥陰病，卷七為制方大法。余氏注文強調四診不可疏忽，尤如喜與苦、欲寐不得寐、能食不能食，臨診尤須細心審察；對傷寒之陰陽、虛實、正反、真假，更須明辨不惑；隨癥立方既有章程，又當靈變。
《余注傷寒論翼》，傷寒著作。四卷，清·柯韻伯撰，余聽鴻注。余氏認為柯氏著述條理疏暢，議論明晰，遂將《傷寒論翼》的抄本予以補綴加注，而成此書。據(jù)余氏自稱，其補綴的闕字與柯氏原文或微有不合之處。