目錄
第一篇.蛋白質(zhì)組信息學(xué)的基礎(chǔ)知識
第一章蛋白質(zhì)組與信息學(xué)1
第一節(jié)蛋白質(zhì)組和蛋白質(zhì)組學(xué)1
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)研究的意義4
第三節(jié)如何研究蛋白質(zhì)組學(xué)？5
第四節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用實例8
第五節(jié)蛋白質(zhì)的功能8
第六節(jié)蛋白質(zhì)組中的信息學(xué)10
第七節(jié)人類蛋白質(zhì)組學(xué)研究標準化計劃13
第八節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢16
第二章蛋白質(zhì)組學(xué)實驗方法和應(yīng)用18
第一節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)實驗方法18
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)定量分析方法23
第三節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用28
第三章標準、本體與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析33
第一節(jié)本體的介紹33
第二節(jié)蛋白質(zhì)相關(guān)本體介紹40
第三節(jié)本體與蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析52
第四章蛋白質(zhì)芯片58
第一節(jié)蛋白質(zhì)芯片基礎(chǔ)58
第二節(jié)蛋白質(zhì)芯片應(yīng)用76
第二篇.蛋白質(zhì)組的功能
第五章蛋白質(zhì)亞細胞定位的信息學(xué)83
第一節(jié)蛋白質(zhì)亞細胞定位及其生物學(xué)意義83
第二節(jié)蛋白質(zhì)亞細胞定位的數(shù)據(jù)資源86
第三節(jié)蛋白質(zhì)亞細胞定位預(yù)測的算法、工具和應(yīng)用90
第四節(jié)蛋白質(zhì)亞細胞定位信息學(xué)未來發(fā)展96
第六章分泌蛋白質(zhì)和膜蛋白的信息學(xué)100
第一節(jié)分泌蛋白質(zhì)概述100
第二節(jié)分泌蛋白質(zhì)預(yù)測104
第三節(jié)信號肽剪切位點預(yù)測111
第四節(jié)分泌蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫112
第五節(jié)膜蛋白概述113
第六節(jié)跨膜螺旋拓撲預(yù)測115
第七節(jié)β桶狀跨膜蛋白拓撲預(yù)測120
第八節(jié)預(yù)測方法評價121
第九節(jié)膜蛋白數(shù)據(jù)庫123
第七章糖蛋白和糖修飾的生物信息學(xué)127
第一節(jié)蛋白糖基化127
第二節(jié)聚糖制備和分析方法129
第三節(jié)糖基化位點預(yù)測及鑒定140
第四節(jié)帶有聚糖完整糖肽分析141
第五節(jié)糖蛋白位點的分析145
第六節(jié)糖蛋白技術(shù)發(fā)展和未來趨勢147
第八章�；�化、甲基化和磷酸化等翻譯后修飾的信息學(xué)分析149
第一節(jié)蛋白質(zhì)翻譯后修飾簡介149
第二節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等研究背景簡介149
第三節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等位點分析152
第四節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等位點預(yù)測157
第九章新型組蛋白賴氨酸修飾的信息學(xué)160
第一節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾簡介160
第二節(jié)琥珀酰化修飾164
第三節(jié)巴豆�；�修飾166
第四節(jié)丙二�；�修飾167
第五節(jié)戊二酰化修飾168
第六節(jié)其他新型賴氨酸修飾類型168
第七節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾的生物信息學(xué)方法169
第八節(jié)小結(jié)與展望176
第三篇　蛋白質(zhì)相互作用和演化
第十章蛋白質(zhì)相互作用的計算與分析177
第一節(jié)蛋白質(zhì)相互作用的概念177
第二節(jié)蛋白質(zhì)相互作用的鑒定178
第三節(jié)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析181
第四節(jié)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)應(yīng)用187
第五節(jié)本章小結(jié)194
第十一章結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)：算法與模型195
第一節(jié)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)介紹195
第二節(jié)結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫199
第三節(jié)基于高通量數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)相互作用結(jié)構(gòu)預(yù)測算法201
第四節(jié)蛋白質(zhì)組的結(jié)構(gòu)建模205
第五節(jié)蛋白質(zhì)組的動力學(xué)模型210
第六節(jié)結(jié)語213
第十二章新基因起源與蛋白質(zhì)組演化信息學(xué)214
第一節(jié)蛋白質(zhì)多樣性的來源——新基因214
第二節(jié)蛋白質(zhì)組功能演化和網(wǎng)絡(luò)演化220
第三節(jié)演化的選擇驅(qū)動力225
第四篇　蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用
第十三章噬菌體展示技術(shù)及其在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用232
第一節(jié)噬菌體及其對生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的影響232
第二節(jié)噬菌體展示技術(shù)及其應(yīng)用235
第三節(jié)噬菌體展示技術(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用245
第四節(jié)噬菌體展示相關(guān)生物信息學(xué)研究255
第五節(jié)小結(jié)260
第十四章基于蛋白質(zhì)組學(xué)的藥物設(shè)計261
第一節(jié)藥物發(fā)現(xiàn)261
第二節(jié)蛋白質(zhì)組學(xué)與藥物發(fā)現(xiàn)261
第三節(jié)基于蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)266
第四節(jié)靶向蛋白質(zhì)–蛋白質(zhì)相互作用的藥物設(shè)計271
第五節(jié)靶向翻譯后修飾的藥物設(shè)計278
第六節(jié)小結(jié)282
第十五章固有無序蛋白質(zhì)組信息學(xué)283
第一節(jié)固有無序蛋白質(zhì)簡介283
第二節(jié)固有無序蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)庫及預(yù)測軟件286
第三節(jié)固有無序蛋白質(zhì)的功能預(yù)測292
第十六章蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)和深度學(xué)習(xí)304
第一節(jié)基于質(zhì)譜的高通量蛋白質(zhì)組學(xué)304
第二節(jié)蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)的產(chǎn)生304
第三節(jié)蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的格式306
第四節(jié)蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)的深度學(xué)習(xí)應(yīng)用312
第五節(jié)小結(jié)316
第十七章蛋白質(zhì)受體配體結(jié)構(gòu)、功能與信息學(xué)318
第一節(jié)蛋白質(zhì)受體配體簡介318
第二節(jié)蛋白質(zhì)受體配體數(shù)據(jù)庫318
第三節(jié)蛋白質(zhì)受體配體相互作用預(yù)測322
第四節(jié)蛋白質(zhì)受體配體結(jié)構(gòu)預(yù)測328參考文獻333