第一部分以特別法人制度的構(gòu)建為基礎(chǔ)，對集體經(jīng)濟(jì)組織改革的目標(biāo)、相關(guān)的制度供給和制度需求進(jìn)行研究，在分析集體經(jīng)濟(jì)組織與農(nóng)民集體、集體經(jīng)濟(jì)組織與集體成員等關(guān)系的基礎(chǔ)上，分析集體經(jīng)濟(jì)組織改革的特殊性。以此為全文的研究提供基礎(chǔ)，并分析集體產(chǎn)權(quán)制度改革對集體經(jīng)濟(jì)組織改革的影響。
第二部分從集體經(jīng)濟(jì)組織的設(shè)立、組織形式、存在基礎(chǔ)和職能等方面，研究集體經(jīng)濟(jì)組織主體地位的特別性。集體經(jīng)濟(jì)組織的設(shè)立是自上而下的改革要求和自下而上的改革壓力互動的結(jié)果，從設(shè)立時起，既不同于其他市場主體的產(chǎn)生，也承擔(dān)不同于其他市場主體的職能。而集體經(jīng)濟(jì)組織與集體所有權(quán)的關(guān)系，對集體經(jīng)濟(jì)組織改革有決定性影響。
如果說第一部分和第二部分的研究具有宏觀性的特點，而第三部分則開始進(jìn)入集體經(jīng)濟(jì)組織的內(nèi)部，從主體的角度研究集體經(jīng)濟(jì)組織成員與集體經(jīng)濟(jì)組織股東之間的關(guān)系。從主體的范圍來說，集體經(jīng)濟(jì)組織成員與集體經(jīng)濟(jì)組織股東之間并不具有對應(yīng)的關(guān)系，集體經(jīng)濟(jì)組織成員可能不是集體經(jīng)濟(jì)組織股東，集體股東也可能不是集體經(jīng)濟(jì)組織成員；從權(quán)利的內(nèi)容來說，集體經(jīng)濟(jì)組織成員權(quán)的內(nèi)容與集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)具有不一致性，相對來說，集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)的范圍較窄。在集體經(jīng)濟(jì)組織改革過程中，集體成員權(quán)、集體經(jīng)濟(jì)組織成員權(quán)與集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)交織在一起。
第四部分對集體經(jīng)濟(jì)組織改革中的股權(quán)戶進(jìn)行專門研究，在界定戶家戶和農(nóng)戶三個概念的基礎(chǔ)上，對集體經(jīng)濟(jì)組織改革中的確權(quán)到人和確權(quán)到戶進(jìn)行分析，在此基礎(chǔ)上構(gòu)建股權(quán)戶的法律地位，并試圖對戶的內(nèi)部法律關(guān)系進(jìn)行分析。
第五部分涉及集體經(jīng)濟(jì)組織財產(chǎn)與集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)，集體經(jīng)濟(jì)組織財產(chǎn)與集體財產(chǎn)、集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)與集體財產(chǎn)之間的關(guān)系在理論上多有爭議，此類爭論直接涉及到集體經(jīng)濟(jì)組織的主體地位問題，特別是集體經(jīng)濟(jì)組織與農(nóng)民集體的關(guān)系。而集體資產(chǎn)的折股量化以及股權(quán)配置和管理，特別是集體經(jīng)濟(jì)組織股權(quán)的內(nèi)容，則是集體經(jīng)濟(jì)組織改革的關(guān)鍵。
第六部分以集體經(jīng)濟(jì)組織章程為基礎(chǔ)，研究集體經(jīng)濟(jì)組織經(jīng)營管理的特殊性。集體經(jīng)濟(jì)組織章程具有自治性和強(qiáng)制性的特點，而功能主義立法也對集體經(jīng)濟(jì)組織的機(jī)構(gòu)設(shè)置產(chǎn)生影響。但是集體經(jīng)濟(jì)組織既不同于公司法人以資本為基礎(chǔ)，也不同于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社法人以勞動為基礎(chǔ)，再加上在設(shè)立的過程中并不是完全以意思自治為基礎(chǔ)，從而使集體經(jīng)濟(jì)組織治理機(jī)構(gòu)的設(shè)置具有復(fù)雜性，治理主體具有多元性的特點。
最后一部分是選取調(diào)研過程中發(fā)現(xiàn)的一些典型做法進(jìn)行總結(jié)。這些看起來具有個別性的經(jīng)驗既是對現(xiàn)有集體經(jīng)濟(jì)組織改革相關(guān)的規(guī)范性文件的反應(yīng)，也對集體經(jīng)濟(jì)組織立法提出了相應(yīng)的要求。而在集體經(jīng)濟(jì)組織改革過程中，各地的實踐做法則直接推動并影響集體經(jīng)濟(jì)組織改革在全國范圍內(nèi)的推行。