本書包括7個部分：一、敕諭五道，系明嘉靖至萬歷朝五次命其修治河道的上諭；二、圖說3個，分別為《祖陵圖說》《皇陵圖說》《兩河兩圖說》；三、河議辨惑，主要駁斥把黃河決口歸因為河神旨意的謬論；四、河防險要，主要講河防的重點地段；五、修治事宜，講修河防決的具體措施；六、河決河源考，追述黃河源流與歷代河決歷史；七、前人治河之議與明代治河奏疏。