子曰工欲善其事,必先利其器。在我國由制造大國向創(chuàng)造大國轉(zhuǎn)型的重要時期,如何將中國的科學(xué)研究打造成支撐國家建設(shè)的強勁引擎,可謂科學(xué)界頭等大事之一。為善成此事而打造一批具備超強探索力的科研設(shè)施,并形成刺向前沿、揭示未知的國之利器,不僅體現(xiàn)了國家的戰(zhàn)略需求,也是中華民族為全人類文明所作出的貢獻。在這一時代背景下,國家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(上海)設(shè)施應(yīng)運而生,標(biāo)志著我國在生命科學(xué)領(lǐng)域從跟隨者向先行者的角色轉(zhuǎn)換。
蛋白質(zhì)作為最重要的生物分子,是生物功能的主要執(zhí)行者,也是生命活動的承載體。認識蛋白質(zhì)不僅是人類了解自身的必經(jīng)之路,而且是對抗疾病、改善健康的關(guān)鍵一環(huán)。我國曾舉全國之力,為蛋白質(zhì)科學(xué)作出過重要貢獻,然而囿于國力所限以及人才匱乏的事實,數(shù)十年來只能在西方科學(xué)家的背影后面亦步亦趨,反復(fù)用紀念曾經(jīng)的成就來掩蓋長期停滯不前的尷尬。經(jīng)過長時間的國力發(fā)展與技術(shù)積累,中國的蛋白質(zhì)人終于迎來了屬于自己的發(fā)展契機!一方面,我國的制造能力足以支撐以蛋白質(zhì)科研為核心的設(shè)備建造,同時多年的引才計劃形成了合理的人才儲備,使得蛋白質(zhì)科研設(shè)施的建設(shè)具備了現(xiàn)實性;另一方面,精準醫(yī)學(xué)在21世紀突飛猛進,需要強大的蛋白質(zhì)科學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施提供理論支撐和實現(xiàn)技術(shù)。這意味著,蛋白質(zhì)科研設(shè)施將不是一個精致而昂貴的科學(xué)家玩具,而會成為關(guān)乎人民健康水平提高和生活質(zhì)量改善的創(chuàng)新工廠。由此,人們足可理解蛋白質(zhì)科研設(shè)施建設(shè)的必要性。
蛋白質(zhì)分子是在空間折疊上高度復(fù)雜、時間過程上高度動態(tài),同時還處于高度交互的信息與物質(zhì)網(wǎng)絡(luò)之中的生物大分子。理解蛋白質(zhì)的功能運轉(zhuǎn)和調(diào)節(jié)方式,意味著需要擁有物理、化學(xué)、生物數(shù)據(jù)采集與分析之強大能力的復(fù)雜儀器系統(tǒng)。這些系統(tǒng)的任何子模塊的設(shè)計與制造,都是相當(dāng)困難的工程,更遑論為發(fā)揮這些系統(tǒng)的最大能力,需要將所有的模塊集成化,來形成聯(lián)動大裝置。這就使整個設(shè)施的建設(shè)難度成數(shù)量級地增長。為了克服這樣的困難,我們將全國乃至全球范圍內(nèi)處于各個子系統(tǒng)的專家和技術(shù)人員集中整合成為精干的設(shè)計與建設(shè)隊伍,使過去各自為戰(zhàn)的小分隊,在建設(shè)中逐步形成為蛋白質(zhì)科學(xué)技術(shù)的聯(lián)合艦隊,克服了諸多技術(shù)困難,終于形成了本設(shè)施的九大技術(shù)系統(tǒng),即規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)(第2章)、蛋白質(zhì)核磁共振分析系統(tǒng)(第5章)、集成化電鏡分析系統(tǒng)(第6章)、質(zhì)譜分析系統(tǒng)(第7章)、復(fù)合激光顯微鏡系統(tǒng)(第8章)、分子影像系統(tǒng)(第9章)、數(shù)據(jù)庫與計算分析系統(tǒng)(第19章相關(guān)內(nèi)容)及位于上海光源內(nèi)的五線六站蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)(第3章)和蛋白質(zhì)動態(tài)分析系統(tǒng)(第4章)。經(jīng)過不斷改善與磨合,具備了五大蛋白質(zhì)科研能力規(guī);鞍踪|(zhì)制備能力、多尺度結(jié)構(gòu)分析能力、多層次動態(tài)研究能力、修飾與相互作用分析能力、數(shù)據(jù)庫與計算分析能力,能夠全面支撐我國蛋白質(zhì)科學(xué)研究所面臨的大部分技術(shù)與儀器需求。
除了技術(shù)上需要克服的種種困難,在大科學(xué)設(shè)施的建設(shè)過程中,大量的非技術(shù)性困難也是現(xiàn)實的問題。設(shè)施建設(shè)是為了支持創(chuàng)新,但其本身就是一項前無古人的創(chuàng)新性工作。如何調(diào)動技術(shù)人員積極性,如何形成適應(yīng)大聯(lián)合系統(tǒng)所需的新型管理制度,如何應(yīng)對舊科研體制的滯后性所帶來的阻力與干擾,都是建設(shè)人員需要殫精竭慮、不斷創(chuàng)新,有時甚至作出妥協(xié),才能一一加以處置的問題。
本專著的第1章總括介紹了建設(shè)這樣國際先進的蛋白質(zhì)研究大科學(xué)設(shè)施的重大意義、主要目標(biāo)和決策及實施過程,從第2章到第9章具體介紹各個技術(shù)系統(tǒng)的原理、配置、性能、安裝調(diào)試和開放服務(wù)情況,第10章介紹設(shè)施開放服務(wù)的管理制度建設(shè),還有用戶通過使用設(shè)施所取得的若干尤其突出的成果。編寫的具體分工如下:
第1章,汪利俊、曹禹、高馨;第2章,牟波、鄧瑋、張珺;第3章,姚德強、張蔚哲;第4章,李娜、唐雨釗、周曉潔;第5章,劉志軍;第6章,孔亮亮、袁青寧、張盈怡、李俊睿;第7章,彭超、吳萍、蘇晨;第8章,于洋、何淑芳、王艷;第9章,王鑫艷;第10章,許先慧。
國家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(上海)設(shè)施的建設(shè)已經(jīng)一曲終了,但是它的運行正是發(fā)軔之初,前途尚遠。在這樣一個時刻,我們?nèi)w蛋白質(zhì)設(shè)施的設(shè)計者、建設(shè)者和運行者再次坐在一起,將過去9年時間里所做的種種努力加以總結(jié)回顧,將我們的欣然所得與無奈之舍,均原原本本地呈現(xiàn)于讀者面前,希望能讓熱愛蛋白質(zhì)研究的科學(xué)家們了解本設(shè)施的特點,更好地利用這一利器以善佳事;希望能為準備或者正在進行科學(xué)設(shè)施建設(shè)的同行們提供參考,使他們的建設(shè)過程更加順利,成果更加輝煌;也希望普通的讀者看到我們這本書,能夠?qū)ξ覈目茖W(xué)設(shè)施建設(shè)工作有所了解,感受我國蛋白質(zhì)科研事業(yè)的謨烈與艱辛。當(dāng)然,我們更希望自己親手建設(shè)的蛋白質(zhì)設(shè)施,能夠跨越險灘、直濟滄海。愿她在征途上從此一帆風(fēng)順,與其他的科研院所攜手,助力中華民族之偉大復(fù)興!
雷鳴張榮光
2018年5月1日
第1章總論1
1.1國內(nèi)外發(fā)展趨勢與現(xiàn)狀2
1.2建設(shè)的必要性5
1.3上海設(shè)施建設(shè)的目標(biāo)8
1.4建設(shè)歷程9
1.5科學(xué)意義和社會效益15
1.6推進分類改革,率先行動爭創(chuàng)一流17
參考文獻18
第2章規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)19
2.1規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)概述19
2.2系統(tǒng)建設(shè)目標(biāo)、技術(shù)方案和驗收指標(biāo)20
2.3規(guī);寺『偷鞍踪|(zhì)可溶性篩選模塊22
2.4多種體系蛋白質(zhì)表達模塊32
2.5大規(guī)模蛋白質(zhì)純化模塊49
2.6蛋白質(zhì)性質(zhì)表征模塊52
2.7自動化結(jié)晶和觀察模塊53
參考文獻56
第3章蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)57
3.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)目標(biāo)57
3.2系統(tǒng)構(gòu)成與系統(tǒng)設(shè)計59
3.3蛋白質(zhì)微晶體結(jié)構(gòu)線站(BL18U1)60
3.4蛋白質(zhì)復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)線站(BL19U1)83
3.5高通量晶體結(jié)構(gòu)線站(BL17B1)93
3.6線站總體102
3.7束線調(diào)試及驗收測試110
3.8運行開放以及用戶成果138
參考文獻138
第4章蛋白質(zhì)動態(tài)分析系統(tǒng)140
4.1同步輻射生物X射線小角散射線站140
4.2同步輻射紅外譜學(xué)線站175
參考文獻212第5章核磁分析系統(tǒng)215
5.1核磁系統(tǒng)概述215
5.2核磁系統(tǒng)的初步設(shè)計方案216
5.3核磁設(shè)備的安裝、調(diào)試、驗收233
5.4核磁系統(tǒng)的開放運行成果250
參考文獻253
第6章電鏡分析系統(tǒng)255
6.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)目標(biāo)255
6.2電子顯微鏡257
6.3透射電鏡樣品的基本制備技術(shù)269
6.4電鏡數(shù)據(jù)的收集及處理287
6.5電鏡系統(tǒng)的工藝測試與驗收295
6.6電鏡系統(tǒng)用戶成果介紹300
參考文獻303
第7章質(zhì)譜分析系統(tǒng)305
7.1科學(xué)目標(biāo)與建設(shè)方案305
7.2蛋白質(zhì)樣本制備模塊310
7.3蛋白質(zhì)高分辨鑒定模塊320
7.4蛋白質(zhì)修飾的規(guī);蛛x和定位模塊325
7.5功能蛋白質(zhì)及其相互作用的定量分析模塊327
7.6安裝調(diào)試329
7.7測試驗收339
7.8用戶開放成果354
參考文獻371
第8章復(fù)合激光顯微鏡系統(tǒng)374
8.1科學(xué)目標(biāo)375
8.2工程工藝設(shè)計377
8.3設(shè)備的到貨、安裝與調(diào)試379
8.4測試與驗收395
8.5運行開放與用戶成果427
參考文獻440
第9章分子影像系統(tǒng)442
9.1系統(tǒng)概述442
9.2系統(tǒng)設(shè)計方案443
9.3系統(tǒng)安裝、調(diào)試及研究計劃451
9.4系統(tǒng)測試與驗收453
9.5系統(tǒng)開放運行成果469
參考文獻473
第10章用戶開放服務(wù)475
10.1用戶服務(wù)管理流程475
10.2用戶會議及培訓(xùn)476
10.3用戶成果管理478
參考文獻488
索引489