目錄
叢書序
譯者序
第1章 引言 1
1.1 蛋白質(zhì)在生物體內(nèi)的重要性 1
1.1.1 生命，蛋白質(zhì)與神秘力量 1
1.1.2 生物體的分子組織 2
1.1.3 蛋白質(zhì)具備多種生物功能 7
1.1.4 蛋白質(zhì)具有生理與進(jìn)化意義上的重要性 33
1.1.5 蛋白質(zhì)具有醫(yī)學(xué)、工業(yè)與社會(huì)意義上的重要性 34
1.2 結(jié)構(gòu)復(fù)雜性與其對(duì)蛋白質(zhì)功能的作用 37
1.3 生物分子內(nèi)部原子的非共價(jià)相互作用 40
1.3.1 靜電相互作用 41
1.3.2 范德瓦耳斯相互作用 54
1.3.3 非極性相互作用與疏水效應(yīng) 55
1.3.4 總結(jié) 58
1.4 概要 58
1.5 本書的章節(jié)組織 59
參考文獻(xiàn) 59
第2章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 66
2.1 簡(jiǎn)介 66
2.1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的層次 66
2.1.2 輔酶與輔基 67
2.2 一級(jí)結(jié)構(gòu) 72
2.2.1 氨基酸及其性質(zhì) 72
2.2.2 肽鍵 100
2.3 二級(jí)結(jié)構(gòu) 103
2.3.1 α螺旋 106
2.3.2 非α螺旋 114
2.3.3 β構(gòu)型 117
2.3.4 為何是螺旋與折疊（構(gòu)成了蛋白質(zhì)的主體結(jié)構(gòu))？ 119
2.3.5 回折轉(zhuǎn)角 122
2.3.6 氨基酸的二級(jí)結(jié)構(gòu)傾向性 123
2.4 三級(jí)結(jié)構(gòu) 127
2.4.1 三級(jí)結(jié)構(gòu)的基本特性 130
2.4.2 蛋白質(zhì)的架構(gòu) 132
2.4.3 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的進(jìn)化保守性 160
2.4.4 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)內(nèi)部的水分子 166
2.5 四級(jí)結(jié)構(gòu) 167
2.5.1 簡(jiǎn)介 167
2.5.2 基本特征 169
2.5.3 四級(jí)結(jié)構(gòu)的優(yōu)勢(shì) in
2.6 翻譯后修飾 174
2.6.1 筒介 174
2.6.2 磷酸化 175
2.6.3 糖基化 178
2.6.4 �；� 180
2.6.5 烷基化 182
2.6.6 羥基化和氧化 183
2.6.7 蛋白質(zhì)水解作用 184
2.6.8 酰胺化作用 184
2.6.9 金屬離子的添加 184
2.6.10 混合修飾 187
2.6.11 后修飾所導(dǎo)致的病變 189
2.6.12 識(shí)別后修飾翻譯 191
2.7 概要 192
參考文獻(xiàn) 193
第3章 結(jié)構(gòu)測(cè)定及預(yù)測(cè)的方法 211
3.1 簡(jiǎn)介 211
3.2 衍射/散射方法 212
3.2.1 X射線衍射 212
3.2.2 中子散射 217
3.2.3 電子顯微鏡（electron microscopy， EM) 219
3.3 光譜學(xué)方法 222
3.3.1 核磁共振（NMR)波譜學(xué) 222
3.3.2 電子順磁共振（electron paramagnetic resonance， EPR)波譜學(xué) 226
3.3.3 從其他方法得出的信息 228
3.4 結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的計(jì)算方法 229
3.4.1 簡(jiǎn)介 229
3.4.2 物理方法 229
3.4.3 比較方法：同源建模 241
3.4.4 預(yù)測(cè)、評(píng)估和驗(yàn)證 244
3.5 結(jié)論 246
3.6 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（PDB) 246
3.7 概要 248
參考文獻(xiàn) 249
第4章 能量學(xué)和蛋白質(zhì)穩(wěn)定性 259
4.1 熱力學(xué)基本原理 259
4.1.1 簡(jiǎn)介 259
4.1.2 自由能和自發(fā)過(guò)程 259
4.1.3 焓、熵和分子熱力學(xué) 261
4.1.4 熱力學(xué)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 268
4.2 蛋白質(zhì)穩(wěn)定性及其牽涉的作用力 268
4.2.1 蛋白質(zhì)有多穩(wěn)定？ 268
4.2.2 主導(dǎo)驅(qū)動(dòng)力 269
4.2.3 靜電相互作用（ΔGelec) 272
4.2.4 范德瓦耳斯相互作用 276
4.2.5 總結(jié)和結(jié)論 277
4.3 蛋白質(zhì)的變性與在條件下的適應(yīng)性 278
4.3.1 將蛋白質(zhì)變性作為一種實(shí)驗(yàn)工具 278
4.3.2 蛋白質(zhì)對(duì)于環(huán)境的適應(yīng)性 281
4.4 通過(guò)工業(yè)酶的蛋白質(zhì)工程來(lái)增加結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性 283
4.4.1 工業(yè)中的酶 283
4.4.2 酶工程 283
4.4.3 提高穩(wěn)定性酶的合理工程 284
4.5 概要 286
參考文獻(xiàn) 287
第5章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)動(dòng)力學(xué) 295
5.1 簡(jiǎn)介 295
5.2 蛋白質(zhì)折疊 297
5.2.1 運(yùn)動(dòng)學(xué)觀點(diǎn) 297
5.2.2 活體內(nèi)的折疊 309
5.3 折疊狀態(tài)動(dòng)力學(xué) 312
5.3.1 自發(fā)動(dòng)力學(xué) 315
5.3.2 影響蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)的外部因素 322
5.4 研究蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)的方法 340
5.4.1 研究慢速（毫秒級(jí)）與中速（納秒至微秒級(jí)）運(yùn)動(dòng)的方法 340
5.4.2 研究快速（飛秒至皮秒）運(yùn)動(dòng)的方法 341
5.5 概要 342
參考文獻(xiàn) 342
第6章 非球狀蛋白 354
6.1 簡(jiǎn)介 354
6.2 纖維蛋白 355
6.2.1 細(xì)胞內(nèi)外基于纖維的結(jié)構(gòu) 355
6.2.2 纖維形成與纖維蛋白 367
6.2.3 球狀蛋白和纖維蛋白之間的結(jié)構(gòu)差異 367
6.2.4 螺旋蛋白α-角蛋白和肢原中的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系 368
6.3 無(wú)內(nèi)在結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì) 377
6.3.1 簡(jiǎn)介 377
6. 3. 2IUP和IDR的序列與結(jié)構(gòu)組織 382
6.3.3 結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系 383
6.3.4 體內(nèi)的IUP 388
6.4 概要 389
參考文獻(xiàn) 390
第7章 膜蛋白 398
7.1 簡(jiǎn)介 398
7.2 生物膜的結(jié)構(gòu)和組成形式 401
7.2.1 生物膜的大體結(jié)構(gòu)和性質(zhì) 401
7.2.2 脂雙層的構(gòu)成 403
7.2.3 脂雙層中脂類的性質(zhì)對(duì)脂雙層性質(zhì)的作用 407
7.3 膜蛋白結(jié)構(gòu)的基本原理 412
7.3.1 概述 412
7.3.2 膜整合蛋白的結(jié)構(gòu) 413
7.3.3 膜外周蛋白 430
7.4 蛋白質(zhì)和膜的相互作用 432
7.4.1 脂雙層對(duì)膜蛋白的作用 432
7.4.2 膜蛋白對(duì)脂雙層的特性的影響 442
7.5 膜整合蛋白和多肽的結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系 446
7.5.1 抗菌肽 446
7.5.2 G蛋白偶聯(lián)受體 457
7.6 概要 479
參考文獻(xiàn) 481
第8章 蛋白質(zhì)與配體的相互作用 500
8.1 簡(jiǎn)介 500
8.2 蛋白質(zhì)與配體結(jié)合的理論 502
8.3 蛋白質(zhì)與配體結(jié)合的能量問(wèn)題 504
8.3.1 總結(jié)合自由能 504
8.3.2 蛋白質(zhì)與配體結(jié)合能的熱力學(xué)決定因素 509
8.4 配體結(jié)合位點(diǎn) 511
8.4.1 幾何互補(bǔ)性 512
8.4.2 靜電相容性 513
8.4.3 蛋白質(zhì)與配體結(jié)合的混亂性 522
8.5 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用 523
8.5.1 概述 523
8.5.2 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)結(jié)合結(jié)構(gòu)域 524
8.5.3 結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系 524
8.6 藥物-配體在藥物作用和設(shè)計(jì)中的相互作用 533
8.6.1 源自蛋白質(zhì)的疾病 533
8.6.2 藥物如何運(yùn)作 534
8.6.3 藥物開發(fā)與設(shè)計(jì) 538
8.7 概要 560
參考文獻(xiàn) 562
索引 574