分子動(dòng)力學(xué)模擬方法是材料科學(xué)與工程中重要的研究方法。分子動(dòng)力學(xué)模擬的計(jì)算量極其龐大, 屬于計(jì)算高度密集型的科學(xué)計(jì)算應(yīng)用。本書(shū)基于高性能計(jì)算機(jī)體系結(jié)構(gòu), 針對(duì)分子動(dòng)力學(xué)模擬中計(jì)算勢(shì)能的幾種方法, 重點(diǎn)討論了短程力計(jì)算算法和長(zhǎng)程力計(jì)算算法在共享內(nèi)存和分布式內(nèi)存體系結(jié)構(gòu)上的并行實(shí)現(xiàn), 綜合考慮并行性、非規(guī)則計(jì)算、數(shù)據(jù)的時(shí)間空間局部性等核心問(wèn)題, 著重討論在共享計(jì)算機(jī)上短程力計(jì)算和長(zhǎng)程力計(jì)算的并行計(jì)算模型, 為分子動(dòng)力學(xué)的高性能模擬提供了參考模型。通過(guò)本書(shū), 能使讀者對(duì)分子動(dòng)力學(xué)基本原理和分子動(dòng)力學(xué)模擬在共享內(nèi)存和分布式內(nèi)存體系結(jié)構(gòu)計(jì)算機(jī)上的并行實(shí)現(xiàn), 有一個(gè)全面且深入的了解。